对胎儿的影响主要是来自于甲亢疾病本身，以及抗甲状腺药物两个方面。在母体患有甲亢时，低体重儿早产儿以及胎儿畸形的发生率都增高，新生儿以及围产儿的死亡率也较明显增高。

患有甲亢的孕妇在孕期如果服用抗甲状腺药物，可以导致流产，胎儿发育不良以及胎死宫内、胎儿窘迫等以及胎儿畸形的发生，均较正常孕妇增加。

患甲亢的孕妇，药物有可能会抑制甲状胎儿甲状腺功能，而出现先天性的甲状腺功能减退，从而影响胎儿中枢神经系统的发育。导致智力落后的这些情况，并不是百分之百的发生，也要根据具体的情况具体分析。